Mở đầu là "Mấy lời ngỏ cùng độc giả", trong đó Trần Trọng Kim cho biết ban đầu định đặt tên cuốn sách là "Kiến văn lục" với mong muốn đem những chuyện mà tác giả đã làm và đã biết trong 6 năm (1943-1949) mà thuật lại cho đúng sự thực, nhưng vì trong những chuyện ấy có lắm việc truân chuyên và lắm nỗi đoạn trường, nên tác giả đổi nhan đề thành "Một cơn gió bụi".[3]

Cuốn hồi ký gồm 12 phân đoạn, mỗi phân đoạn kể về một giai đoạn cuộc đời tác giả với những sự kiện gắn kết với nhau và không tách rời bối cảnh lịch sử Việt Nam khi đó.

1. Cuộc đời yên lặng và vô vị: tóm lược những công việc cá nhân của tác giả bắt đầu từ năm 1942, cảm nhận về sự chiếm đóng của quân Nhật Bản - Pháp, và tâm tình của ông trong giai đoạn này. Tôi là một người nước Việt Nam, lẽ nào lòng tôi lại không rung động theo với dịp rung động của những người ái quốc trong nước? Nhưng vì hoàn cảnh khó khăn, lòng người ly tán, nhiều người lại muốn lợi dụng cái tiếng ái quốc để làm cái mối tư lợi cho mình, vì vậy mà tôi chán nản không dự vào đảng phái nào cả, mà cũng không hành động gì về phương diện chính trị. Ngoài những lúc làm những công việc hàng ngày phải làm, khi rỗi rãi gặp những bạn thân, nói đến chuyện thiên hạ sự và việc nước nhà, thì tôi cũng nói chuyện phiếm và mong cho nước nhà chóng được giải phóng.[4]
2. Đi Chiêu Nam Đảo: Do tình thế bắt buộc, tác giả cùng nhiều nhà chí sỹ khác phải đi sang Singapore dưới sự sắp xếp của người Nhật, bấy giờ đã làm chủ Đông Dương và bán đảo Mã Lai. Tại đây, ông chứng kiến một người bạn thân thiết cùng đấu tranh cho độc lập nước nhà qua đời với bao niềm xót xa.
3. Đi Băng Cốc và về Sài Gòn: Sau nhiều lần trễ hẹn, cuối cùng tác giả và những chí sỹ khác cũng rời khỏi Chiêu Nam Đảo về Băng Cốc dưới sự giúp đỡ của người Nhật. Khi về tới Sài Gòn thì được tin Nhật đã đảo chính Pháp, triều đình ở Huế đã tan rã, vua Bảo Đại đang tìm người thành lập chính phủ mới.
4. Về Huế và lập chánh phủ: Với sự sửa soạn của người Nhật, tác giả được lệnh vua Bảo Đại ra Huế. Tại đây, ông đã được đoàn tụ với vợ con sau thời gian dài xa cách. Cuộc gặp gỡ lần đầu tiên với vua Bảo Đại đã để lại nhiều ấn tượng tốt trong ông. Trước đề nghị của vua và tinh thần trách nhiệm, tác giả đã đồng ý đứng ra thành lập nội các. Chính phủ của ông tồn tại được bốn tháng nhưng đã làm được một số việc như điều đình thành công với người Nhật để họ trả lại vùng nam kỳ, thống nhất đất nước. Tuy nhiên, nhiều vấn đề cũng nảy sinh mà chính phủ Trần Trọng Kim không giải quyết được, như việc Nhật bản trưng thu lương thực gây nạn đói năm Ất Dậu khiến cả triệu người chết (Trần Trọng Kim tránh không nhắc đến chuyện này trong hồi ký). Hoạt động tuyên truyền của mặt trận Việt Minh (thực chất do những người Cộng sản đứng đầu) và một số nhóm chính trị khác, các vụ không kích của quân Đồng Minh khiến tình hình trong nước hết sức phức tạp. Cuối cùng, Việt Minh phát động tổng nổi dậy giành chính quyền. Quân đội Nhật ngỏ lời giúp đàn áp Việt Minh nhưng tác giả từ chối, sau đó giải tán nội các và vua Bảo Đại thoái vị. Trước đó, ông cố tìm cách thương lượng với Việt Minh để duy trì lại hoàng gia nhà Nguyễn nhưng bị từ chối.
5. Về Hà Nội: kể về hành trình từ Huế ra Hà Nội, nơi ông cư trú.
6. Chính phủ Việt Nam và tình thế trong nước: Tác giả kể về tình hình Việt Nam dưới sự điều hành của Chính phủ Lâm thời gồm đại diện nhiều đảng phái do Hồ Chí Minh đứng đầu, kèm theo vài lời nhận xét về hoạt động của chính phủ mà thực chất mọi việc do Tổng bộ Đảng Cộng sản quyết định. Tác giả cũng tường thuật lại cuộc bầu cử Quốc hội khóa I tại Hà Nội ngày 6/1/1946, nơi mà Việt minh huy động cả người không biết chữ đi bầu cử với nhận xét "lẽ tất nhiên những người của Việt Minh đưa ra được đến tám chín mươi phần trăm số người đi bầu. Ðó là một phương pháp rất mới và rất rõ để cho mọi người được dùng quyền tự do của mình lựa chọn lấy người xứng đáng ra thay mình làm việc nước."[5]
7. Tôn chỉ và sự hành động của Cộng sản đảng: Nhận xét cá nhân của tác giả về Chủ nghĩa cộng sản và phong trào Việt Minh. Ngoài ra, ông còn phân tích kế hoạch của những người Cộng sản trong chính phủ lâm thời khi đó đối với cựu hoàng Bảo Đại.
8. Sự giao thiệp của chính phủ Việt Nam với nước Pháp: Ông nhận xét về các biện pháp của Chính phủ lâm thời và Hồ Chí Minh trong ngoại giao với nước Pháp và Tàu. Ông phân tích Hiệp định sơ bộ mà Võ Nguyên Giáp ký với Pháp, cho rằng đó là cách "hoãn binh" của Việt Minh, trước là để đuổi Tàu, sau đó sẽ dồn lực đối phó với Pháp.
9. Đi sang Tàu: Để tránh chiến cuộc với Pháp sắp nổ ra, tác giả lưu lạc sang Trung Quốc hòng mưu với những chí sỹ khác của nhiều đảng phái thành lập chính phủ mới. Trung Hoa Quốc dân đảng đón tiếp ông, đồng thời cung cấp tiền bạc cho ông và Bảo Đại hòng lập chính phủ mới do Trung Hoa khống chế, nhưng ông thấy Trung Hoa Quốc dân đảng không có thực lực nên không làm gì.
10. Cuộc Pháp Việt chiến tranh: tác giả kể cảm nhận về cuộc chiến giữa Việt Minh và Pháp. Được Pháp đề nghị, ông soạn thỏa thuận để chấm dứt chiến tranh với sự chứng kiến của Bảo Đại.
11. Về Sài Gòn: người Pháp thu xếp cho ông trở về Sài Gòn để vận động thành lập chính phủ mới. Về đến Sài Gòn, ông nhận ra rằng những lời hứa hẹn của người Pháp là giả dối nên ông quyết định không làm gì.
12. Lên Nam Vang: Quá mệt mỏi và bất lực trước thời cuộc, tác giả lưu lạc sang Nam Vang. Trong thời gian này, ông đã tập hợp các bản thảo nhật ký của mình và viết thành cuốn hồi ký Một cơn gió bụi. Kết thúc là nhận xét của tác giả về cái hay và cái dở của Việt Minh và tự nói về tấm lòng với dân tộc của ông.

Cuối sách là 3 phụ lục:

1. Lời tuyên cáo của nội các Trần Trọng Kim
2. Chiếu của Bảo Đại sau khi được tin Nhật Bản đầu hàng
3. Hai tờ chiếu thoái vị của Bảo Đại ban cho quốc dân và hoàng tộc.[6]

Ngoài ra, Nhà xuất bản Vĩnh Sơn còn thêm phần phụ lục chương trình tang lễ Trần Trọng Kim ở Hà Nội và Sài Gòn, cùng các bài điếu văn của Nguyễn Đệ, Nguyễn Hữu Trí, điếu văn của đại biểu Hội đồng Toàn quốc, bài văn tế Trần Trọng Kim của Đông Hồ, điếu văn của Hội Việt Nam Phật giáo.[7]